本作是根据正在播放的动画《游戏王GX》而改编的游戏，而《游戏王GX》是基于《游戏王》的无明显关连的后续动画作品。游城十代在前往决斗学园的入学考试的途中，与传说中挑战者武藤游戏（《游戏王》中的主角）戏剧性的相遇，并接受了一张卡片。但十代因此而迟到错过了入学考试。为此十代恳求库洛诺思教授让他过关, 然而无论十代怎样恳求，库洛诺思教授都不同意。于是十代VS库洛诺思教授的决斗开始了……游戏的剧情就是发生在这个决斗学园中，玩家要扮演一个学园的新生，去挑战那些原作中的主角们，并以卡片决斗的方式打倒他们。
游戏中的决斗也是忠实地按照原作再现的，从决斗场到怪兽卡，陷阱卡等一应俱全，在决斗过程中还会有大魄力的插图来表现气氛，给人以充实的临场感。规则也和历代《游戏王》系列游戏一致，无论是第一次接触的新手还是老鸟都可以很快上手。从现在公布的情况来看，游戏王秉承了其一贯的游戏性以及卡片游戏的精髓，并且大魄力对战画面的加入也使游戏比之前的GBA版显的更加有气势。
