游戏发生在《宝可梦巡护员 巴特那吉》剧情故事之后的几年，在黑暗水晶被净化之后，科学家找到利用其能量作为资源的方法。
但是阿尔米亚地区的居民十分恐惧这个水晶，所以当局便将其卖给了丰缘地区。于是丰缘地区的新紫堇发电厂便被改造成水晶发电厂，黑暗水晶的能量将在此被合理利用。
一切都进行得如此顺利且平静，但是有一天，电厂突然爆炸并释放出大量辐射。水晶被紧急转移到了科伦地区的一个秘密实验室并作为绝密武器被加以保护。
丰缘的西部地区被完全污染，其中便包括你的家乡未白镇。居民被撤离到了离丰缘相对较近的科伦地区。
当你开始你的旅途，你会碰上全新的反派：虚空队。当达克莱伊的暴走被控制住后，该组织试图窃取水晶并以此操控达克莱伊去统治一切。
你所需要的就是阻止他们的计划，拯救科伦地区乃至整个口袋世界！！
