《银河飞将 秘密任务》游戏故事的情节是，中途岛号返回联邦军队的地球基地，受到热烈表彰，联邦的高层领导决定把中途岛号的优秀飞行员们派往新建成的快速攻击航空母舰——TCS-Cerberus。
游戏系统
第一章DEEPBLACK
第一关：为Cerberus护航，扫清前进途中的所有敌机，Cerberus将用你的巡航数据校正跳跃程序。这关要速战速决，不能让异形抢先使用跳跃点逃走，否则Cerberus将无法校对跳跃程序。
本关导航点数量：2
第二关：大批敌机逼近，紧急升空，拦截敌机。在这里我要对F-110A黄蜂式截击机的性能作一点补充。玩家是不是注意过F-110A的独特的造型，T形的机身，颇奇怪。F-110A与其它联邦战机的不同就在她那T形机身的尾部，那是一个外挂的助推火箭，在拦截敌机时可以使飞机在短时间内抵达战场，赢得时间。用B键启动它，战机将会以3000的速度飞行，哇塞！简直就是电影《星球大战》里的光速飞行嘛！
注：该助推火箭一旦启动就无法关闭，它将一直燃烧直至油料耗尽，那时你的F-110A看起来就象是个火柴盒。
本关导航点数量：1
第三关：在这一星系发现有大量异形存在，Cerberus将被迫实施战术转移。掩护Cerberus抵达通往Ella星系的跳跃点，以免冒被数量不明的异形追击之险。
本关导航点数量：3
第四关：大批敌机逼近，紧急升空应战，不惜一切代价保护母舰！
注：这关的敌机分两波实施攻击，第二波的威胁较大，当然第一波也不容忽视，速战速决！
本关导航点数量：1
第二章THICKENING(密码：ACHERON)
第五关：刚刚跳跃到Ella星系，就发现有大批敌机。全力保卫Cerberus，干掉所有的敌机！
本关导航点数量：5
第六关：位于Ella星系的异形实力还没有摸清。你的任务是巡航所有的导航点，调查敌情。如与敌机遭遇，不留活口！
注：在第三个导航点会有几架Excalibur型友机助战。
本关导航点数量：4
第七关：Ella星系的联邦太空站已经在我们的通讯距离内了。她的护航机群报告在巡逻中发现一艘驱逐舰级别的大型敌舰。搜索所有的导航点，如发现敌舰，立即摧毁！
注：在第一个导航点的敌机被消灭干净后会从Cerberus传来新任务：太空站遭到异形袭击，立即增援！拦截所有的敌远程轰炸机，一个也不能放走！
本关导航点数量：3
第八关：一队由一艘Plunkett级重型巡洋舰TCS-Tereshkova号和两艘Murphy级驱逐舰TCS-Kuznetsova号、TCS-Leonov号组成的联邦舰队将从Verpus星系跳跃到Ella星系。你的任务是巡逻Cerberus与跳跃点之间的所有导航点，消灭遭遇到的所有敌机，接应友舰并护送她们返回。
本关导航点数量：3
第九关：掩护Cerberus向Cygnus星系的跳跃点进发，摧毁途中所有的敌机。
本关导航点数量：3
第十关：Cerberus要通过Cygnus星系的跳跃点，异形可能已经派遣了部队前往那里，并抢先占据了有利位置。尽快地护送Cerberus赶到跳跃点。如果我们能在敌人主力到达之前赶到，Cerberus将会不被察觉地进入Cygnus星系。
注：由于敌人早已封锁了通往Cygnus星系的跳跃点，在消灭了第一批敌机后目的地改变为Talos星系。
本关导航点数量：2
第三章HIDEANDSEEK(密码：TMA-1)
第十一关：一支以TCS-ShyMeadows为首的联邦运输舰队正遭到大量异形的攻击，这是一个紧急救援任务，火速出击！
注：除非你是骨灰级的资深银河飞将玩家，建议先用秘技(详见本文“后记”)“搞”掉一半以上的敌机，你有信心在60秒内敲掉10架以上的敌机吗？
本关导航点数量：1
第十二关：情报部门推测异形正调动大量兵力准备对Sol星系发起猛攻。Cerberus必须赶到Cygnus星系以分散敌人的兵力，增加联邦瓦解异形攻势的机会。首先，Cerberus应立即到达Talos星系的联邦空间站。你的任务是为Cerberus提供护航，摧毁所有敌机。
本关导航点数量：3
第十三关：TCS-Foehammer号驱逐舰已进入Talos星系增援我们，Cerberus的飞行编队将与她的Excalibur型战斗机混合编队进行巡逻，消灭遭遇的所有敌机。
本关导航点数量：4
第十四关：护送运输舰队到通往Sol星系的跳跃点。
注：敌人将分两批袭击我们，第一批为轻型战斗机，第二批为轰炸机和轻型巡
