《游戏王！ - 决战怪兽 GX - 决战王者》的游戏画面使用了3D背景加2D人物，系列作品首次使用了3D画面，所以在卡片战斗中给玩家带来了很强的冲击感，人物在普通地图为2头身的Q版人物，游戏的卡片都加入了简单的3D效果，而且在清晰度上比GBA版的游戏王又提升了一个层次，在对战的时候不在是普通的2D场景了，而是使用了动态背景。
游戏系统使用了专业版的游戏王卡片系统，只是在规则上跟普通版的有变动，游戏中主角需要和学校里的人对战， 游戏中的决斗也是忠实地按照原作再现的，从决斗场到怪兽卡，陷阱卡等一应俱全，在决斗过程中还会有大魄力的插图来表现气氛，给人以充实的临场感。规则也和历代《游戏王》系列游戏一致，无论是第一次接触的新手还是老鸟都可以很快上手。
